早年仕途
　　王瓊為成化二十年（1484年）進(jìn)士。最初擔(dān)任工部主事，后升為郎中。外調(diào)治理漕河三年，把所經(jīng)歷過的事羅列出來，于弘治八年（1495年），編著了《漕河圖志》八卷。后來接任的人查考那些事，竟然是毫厘不差，由此王瓊以勤勉、干練而出名。不久改任戶部郎中，又轉(zhuǎn)官河南右布政使。

步步高升
　　正德元年（1506年），王瓊被提升為右副都御史，負(fù)責(zé)督辦漕運。正德一年（1507年）王瓊?cè)氤?，?dān)任戶部左侍郎。衡王府當(dāng)時有朝廷賞賜的土地，荒蕪得無法耕種，衡王還是勒令百姓按照正常情況交租，又反過來誣告趙賢等小百姓侵占了他的土地。王瓊前去檢察，把旁邊百姓家的土地奪過來給了衡王，把趙賢等發(fā)配到邊境充軍，當(dāng)?shù)匕傩沼泻芏嗳硕荚购尥醐偂Ｕ氯辏?509年）春天，朝廷推舉吏部侍郎，前后推上六個人，武宗都不同意。最后把王瓊推選出來，武宗同意了。因為他在戶部時邊疆大臣用太倉的銀子沒有歸還，有關(guān)負(fù)責(zé)人員上報晚了，戶部尚書顧佐被扣發(fā)了俸祿，王瓊被調(diào)往南京。過后，又改任戶部右侍郎。八年升為戶部尚書。王瓊為人很有心計，善于查對。他在為郎官時就把過去的文牘、規(guī)則抄了下來，全面掌握了戶部錢財收支、虧盈的情況。等做了尚書，更加熟悉了國家的財政計算。邊境有將領(lǐng)來請撥發(fā)糧草，他屈指計算一下某倉庫、某草場有多少糧草，各郡每年運送多少，邊防士卒每年秋收糧草多少，就說：“這些已經(jīng)夠了。再伸手要就是弄虛作假。”由此大家更認(rèn)為王瓊有才干了。

理政誅賊
　　正德十年（1515年）王瓊接替陸完做了兵部尚書。當(dāng)時各地盜賊四起，官兵的將士都以斬殺敵人的頭顱數(shù)論功升官。王瓊上書：“這是嬴秦似的敗國政策。在邊境上實行還可以．沒有內(nèi)地作戰(zhàn)而以頭顱數(shù)論功的。現(xiàn)在江西、四川的官兵亂殺平民百姓成千上萬人，縱容了盜賊，留下了禍患，都是這條規(guī)定造成的。從現(xiàn)在起官兵在內(nèi)地討伐盜賊，只以掃蕩、平息論功，不再計算斬獲頭顱數(shù)目?！蔽渥谕饬?。武宗皇帝當(dāng)時到邊塞以外遠(yuǎn)游。長年不回，京郊的盜賊正悄悄興起。王瓊請在河間設(shè)置一名總兵，在大名、武定各設(shè)一名兵備副使，責(zé)令他們平息當(dāng)?shù)乇I賊，又傳令順天、保定的兩個巡撫，嚴(yán)守要害地段防止外敵侵入。征集遼東、延綏兵馬到武宗行宮附近地區(qū)，用以保護(hù)皇上。朝廷內(nèi)外倚仗著這些才不擔(dān)驚受怕。孝豐的盜賊湯麻九起來造反，有關(guān)部門請派軍隊過去收捕。王瓊請密令勘糧都御史許廷光出其不意地擒拿他們，結(jié)果成功了，盜賊沒一個漏網(wǎng)。各地奏上捷報后，大多歸功于王瓊的謀劃，他因此幾次受到賞賜、封蔭，逐漸做到了少師兼太子太師，兒子也被封為世襲錦衣千戶。等到修建乾清宮完畢，又蔭封他兩個兒子為錦衣千戶，他受到的寵愛在幾個尚書中首屈一指。

平定叛亂
　　正德十四年（1519年），寧王朱宸濠叛亂，王瓊請武宗命令南和伯方壽祥率領(lǐng)操江部隊防守南京，南贛巡撫王守仁、湖廣巡撫秦金各自率領(lǐng)自己的部隊開往南昌，應(yīng)天巡撫李充嗣鎮(zhèn)守京口，淮揚巡撫叢蘭扼守儀真。他的奏章遞上后，武宗心里想要御駕親征，君臣爭議了三天還決定不了。大學(xué)士楊廷和催促皇上早作決定，武宗最后還是下詔親征，讓王瓊與楊廷和等人在北京坐鎮(zhèn)。在此之前，王瓊既對朱宸濠所為早有察覺，他在正德十一年（1516年），就特舉王守仁出任贛南巡撫，以兵部請旨，準(zhǔn)王守仁“便宜提督軍務(wù)”，并放權(quán)讓他見機行事，提督軍務(wù)。等朱宸濠造起反來，地方上報朝廷知道后，滿朝大臣心里惴惴不安。王瓊說：“大家不用擔(dān)心，我任用王伯安到贛州去，正是為了現(xiàn)在這件事，反賊馬上就會拿下的。”

遭受打擊
　　王瓊很有才能，并善于結(jié)交權(quán)貴。他恭敬地侍奉錢寧、江彬等人，由此得到施展才干的機會，他遞上去給皇上的建議、請求一經(jīng)提出就能得到批準(zhǔn)，他能在兵部多次立功，也是借了江彬等人的力量。陸完倒臺后，他取代陸完做了吏部尚書。王瓊忌妒彭澤平定流賊，名望超過了自己，就勾結(jié)錢寧，用重罪中傷彭澤。又把云南巡撫范鏞、甘肅巡撫李昆、副使陳九疇誣陷下獄，一時間朝廷內(nèi)外官員大多害怕王瓊。而大學(xué)士楊廷和也因為王瓊所行賞罰大多得到武宗發(fā)自內(nèi)宮的批復(fù)詔書，不經(jīng)過內(nèi)閣，所以無能為力。嘉靖元年（1521年），明世宗繼位，諫官前后不停地揭發(fā)王瓊，他被關(guān)進(jìn)了都察院的監(jiān)獄。王瓊于是竭力攻擊楊廷和，世宗這下更認(rèn)為他不正直，就交由大臣們議論，結(jié)果以觸犯結(jié)交皇上左右侍衛(wèi)的律令應(yīng)判處死刑，改為讓他充軍莊浪。王瓊又上訴說自己年紀(jì)大了，因而被改派到綏德充軍。

復(fù)官建功
　　張璁、桂萼、霍韜掌權(quán)后，因為王瓊與楊廷和有仇，就推薦了他，然而明世宗并沒有聽從他們。到嘉靖六年（1527年）邊境上有戰(zhàn)事，桂萼等人堅決請求任用王瓊，沒有得逞。但世宗也可憐王瓊年老有病，就讓他返回老家做個平民。御史胡松因為彈劾桂萼被貶官外放，他的同事周在請求饒恕胡松，也被關(guān)進(jìn)了詔獄。桂萼又一次說到王瓊以前批評過楊廷和，所以滿朝大臣一齊起來排斥他。世宗于是命令讓王瓊官復(fù)尚書，等候任用。

　　嘉靖七年（1528年），朝廷因西北邊事緊急，由內(nèi)閣大臣桂萼等推薦，詔令王瓊“以兵部尚書兼右都御史提督三邊軍務(wù)”。當(dāng)時，吐魯番占領(lǐng)了哈密，朝廷決定關(guān)閉關(guān)門并拒絕它的進(jìn)貢已經(jīng)有四年的時間。而吐魯番的將領(lǐng)牙木蘭因為受到速檀滿速兒的猜疑，率領(lǐng)二千人來請求內(nèi)附。沙州番人帖木哥、土巴等，一向受土魯番奴役，也率領(lǐng)五千多人人關(guān)來內(nèi)附。土魯番人來侵犯，接連被參將云昌等打敗。他們勾引瓦刺人侵犯肅州，游擊彭溶打退了他們。吐魯番失去了援助，又在幾次戰(zhàn)爭中失利，于是歸還哈密，請求上貢，并請歸還被扣押在明朝的使臣，只是話說得很不禮貌。王瓊上書請求對他們予以安撫、結(jié)交，世宗采納兵部尚書王時中的意見，像王瓊奏請的那樣做了處置。霍韜對此提出責(zé)難，王瓊又上書請求遣還土魯番的使臣，像以前那樣允許他們來上貢。從此西域又平定下來，只是北方的韃靼常常來騷擾邊疆。韃靼首次進(jìn)攻侵犯莊浪，王瓊部下的將領(lǐng)阻擊他們，斬獲幾十個首級。不久又由紅城子進(jìn)攻，殺害了部餉主簿張文明。嘉靖八年（1529年）韃靼部落又用數(shù)萬騎兵來犯寧夏，過后又侵犯靈州，王瓊派濟(jì)南梁震等攔截，斬敵七十多人。嘉靖八年（1529年）秋天，王瓊征召各路精兵三萬人，在塞下巡行。敵人聽說了，卷起帳篷遠(yuǎn)逃而去。明朝官兵于是分路進(jìn)攻，放火在原野上焚燒，顯示了軍威，然后收兵而回。

　　在這之前，南京給事中丘九仞彈劾王瓊，世宗卻加以安慰、挽留。等張璁、桂萼被罷免后，那些彈劾張璁、桂萼等人的大臣都出面攻擊王瓊，世宗于是命令他退休。不久又把先前的詔書擱下來，派人對王瓊表示慰問。正好番人前來臨洮大肆擄掠，王瓊征調(diào)兵力討伐若籠、板爾各部，焚燒了他們的巢穴，斬殺了三百六十人，收附了七十多個部族。評定戰(zhàn)功，被加升為太子太保。王瓊在邊疆上，戰(zhàn)備都整頓得很好。韃靼曾經(jīng)打到山西，占了便宜，過了一年又來邊境上搶劫，假裝著要向東打，王瓊命令在西邊做好戰(zhàn)斗準(zhǔn)備。賊寇果然鉆了進(jìn)來，官兵沉重地打擊了它。各處番人被掃蕩、平息后。西部邊陲更加太平了。甘肅軍民一向受吐魯番人侵犯、欺凌，如今惟恐王瓊離開，就一起請求當(dāng)?shù)厥爻枷虺⑸蠒?，留下王瓊別走。于是巡撫唐澤、巡按胡明善都上書敘述他的功勞，請聽從甘肅軍民的請求。世宗為此頒發(fā)詔書，獎勵了王瓊一番。

歿于任上
　　當(dāng)初，世宗厭惡楊廷和，懷疑朝中大臣都是他的同黨，所以接連任用桂萼、方獻(xiàn)夫主管吏部。等獻(xiàn)夫離任后，世宗不想任用另外的人，所以久久不增補這個缺額。到嘉靖十年（1531年）冬季，才派行人拿著敕書前往召王瓊回朝。然而吏部尚書、南京御史馬敫等十個人上書痛罵王瓊是先帝一朝遺留的大奸臣，使世宗大為惱怒，把馬敫等人全都關(guān)進(jìn)了詔獄中，并且對王瓊表示安慰。不過不久，馬敫等也都官復(fù)原職了?；R池傳來戰(zhàn)報，兵部尚書王憲請派出部隊。王瓊說花馬池戰(zhàn)備嚴(yán)整，敵人打不進(jìn)去，大部隊去了，敵人先撤了兵，只能空自耗費朝廷的人力、財力而已。王憲最終還是派出六千人，走到彰德，敵人果然逃走了。嘉靖十一年（1532年）秋天，王瓊死在任上。被贈為太師，謚號恭襄。同一年，彭澤已在王瓊之前去世了。

　　在正德、嘉靖年間，彭澤、王瓊都有才干，有膽略，他們不停地相互中傷，仕途中你進(jìn)我退，幾番更迭。其中王瓊陰險忌刻，輿論尤其不贊成他。但是他在兵部時立了很多功，外放提督陜西三邊軍務(wù)時，人們也曾把他比作楊一清。